评价微生物肥料功能与效果有以下6个方面，包括提供或活化养分功能、产生促进作物生长活性物质能力、促进有机物料腐熟功能、改善农产品品质功能、增强作物抗逆性功能、改良和修复土壤功能。这些功能在农业行业标准NY/T 1847—2010和 NY/T 1536—2007中有具体评价要求和方法，这也是微生物肥料功能表述、产品包装标识、技术培训和推广宣传的依据。
微生物肥料产品功能和效果评价从方法学上看，主要采用比较与分析方法。从规模上可分为实验室精细分析比较和大田的综合统计比较（固氮类固氮活性的高低有专门的测定方法，如乙炔还原测定法和氮同位素测定法）。
实验室的精细分析比较主要是盆栽法。盆栽土壤应采用相同来源的土壤，为追求精确可在对比试验前先对土壤进行耗竭性处理，即在此土壤中连续种植吸肥能力高的植物，如黑麦草，使此土壤中的肥力消耗至很低水平。然后在此土壤中施用相同组成并且等量的营养物质，栽培相同品种、长势差不多的作物苗，在一部分盆钵中施用微生物肥料，另一部分盆钵中施用等量的经高温杀灭活菌体的微生物肥料作对照。当植株生长到一定阶段，对其长势、植株、根系、果实等的生长量以及所含营养物质进行分析化验并作统计学处理后，最终做出对比结果。
大田作物应选择土壤、环境相同的田块作对比试验，对照田块施用灭活后的相同微生物肥，试验田块施用含活菌剂的微生物肥。然后对不同生长期的作物生物量和感兴趣的化学成分进行测定，并对产品口感、风味进行比较，农产品化学残留进行测定。
为了证明微生物肥料的长效性可进行多年跟踪，施用田块土壤结构和成分的变化，以及发病情况的跟踪记录。对土壤环境与可持续发展的考查，应跟踪数年，对土壤成分和主要指标（如有机质含量、pH、孔隙度、阳离子交换量、团粒结构、农药除草剂残留、保水保肥能力、生物量等）和土壤微生物区系等进行测定。
用发酵有机肥作微生物菌剂载体的，应增加测定对种子发芽的影响，以防作为载体的有机肥发酵不充分，用以评价其安全性。
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