微生物肥的商品形式主要有固体和液体两种。针对不同作物施用方式也有不同，不同的耕作方式在施肥中也应注意不同的使用方式。
大田作物一般一次性施足固态生物有机肥作基肥，可以根据产量和栽种密度可在 100～1 000 千克/亩之间调整。基肥施得比较省的可在不同生长时期追施些化肥。例如在分蘖期、扬花期、灌浆期补点氮肥。在播种时可以用液体生物肥拌种，在移栽时也可用生物肥蘸根，再栽入大田。这些措施都是为了使经济效益相对低一些的大田作物节省成本。
经济效益相对高的大棚作物、果树、蔬菜、茶叶等就应根据不同情况而定。例如，果树可沿树冠滴水线开沟施足基肥后覆土，每亩施肥量随产量递增，高的可达 1 吨，还有整个生育期生长相对稳定的番茄、黄瓜、茄子、芹菜、大葱等也可一次施足基肥。为了提升直接生食型瓜果的口味，可在后期补少量生物钾，也可在瓜果开花前期、幼果出现期喷施液体生物肥可以减少落果，茄子、辣椒就是如此；同样的措施用于西瓜、草莓还有增加甜味的功效。生长后期营养消耗高的如水稻、西瓜、萝卜，除基肥充分外，后期补充液体生物肥都表现出优良的效果，产量和质量都得到了提升。后期补充化肥的产量虽有提高，但质量提升不明显。
大棚蔬菜不宜一次施大量的基肥，一次性施入太多的化学氮肥，蔬菜存在硝酸盐含量偏多的可能，分多次少施固态生物有机肥为好。对于生育期短的菠菜、生菜等类型蔬菜施用生物有机肥，一定要注意必须使用充分发酵的，并且只需施一次就有好的品质和产量。液态微生物肥往往与灌溉同时并用，由于浇水总量增加，化肥用量减少，有减少大棚土壤盐渍化的效果。对于整个生长期耗肥明显的露地栽培的结球甘蓝(包菜)、大白菜等，应施用发酵充分的生物有机肥。根据长势注意后期是否追加一定的速效氮肥，对产量有明显的效果。
生物有机肥作基肥用于果树与化肥相比，普遍有改善口感增加甜度的效果，特别是花期喷施液态硅酸盐菌剂可显著减少桂圆、荔枝的落果，增加产量，也增加甜度。连年长期在果园里施用充足的生物有机肥，还可使果树大小年的现象不再明显，梨树连续3～5年使用硅酸盐菌剂，在不用或少用农药的情况下病害也在减少。
对于次生代谢物含量多少影响茶叶、中药材等品质的农作物，施用生物有机肥将有明显的效果。施用化肥的茶叶、中药材产量可能很高，但品质和药效不如施用生物有机肥的好。生物有机肥能增加影响茶叶品质的次生代谢物增加，增加中药材疗效的成分增加。
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