有机肥腐熟度与稳定性是个相对的数值。有机质矿化是腐熟度与稳定性变化的全过程。有机肥在腐熟过程中不断产生小分子植物营养物质，如有机的氨基酸、寡糖、抗生物质等，同时产生被矿化了的无机营养物质如氮化物、无机磷化物、氧化钾、微量元素等。相对稳定的有机物是腐殖酸类物质。由木质素类经分解和合成作用形成的腐殖酸类物质，再经缓慢的氧化最终都形成了二氧化碳和水。
有机肥腐熟过程既是有机物分解过程与矿化过程，也是小分子生物活性物质的形成过程。所形成的活性物质包括植物激素类、植物保护类、物理性状调节类（如保水保肥的胶体物质）及其他功能的小分子碳化物等。在这个过程中微生物菌群发生不断的变化，代谢产物也在不断地变化，很难用一个稳定的指标描述一个不断变化的过程。因此，以一个综合的指标表述可能更适合。
因为腐熟度和稳定性都是一个相对的阶段性进程，目前各种检测方法大都显示单一指标，缺乏综合性，都存在一定的不确定性。比较简单而又实用的方法有：发芽率测定、温度变化测定，其他如C/N测定、氨氮/硝氮测定、呼吸好氧测定、光谱分析、生物活性分析等仅能作为某个方面的科研工作的测定方法，既费事又不全面，实用性不强。测定发芽率和测定发酵过程中温度变化是检测生物有机类肥料综合质量简易而又实用的方法。
发芽率测定：一般要求与对照样本比较，达到80%就为合格。
温度变化测定：一般要求在含水45%左右的条件下，隔热比较好时，观察6天温度是否有明显增长，没有显著净增长为合格。
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