微生物肥料也就是俗称的生物肥，它是通过产品中所含的功能微生物发挥其作用的。地表的岩石经物理风化、化学风化、生物风化逐步形成了土。有机质和微生物进入风化土以后，加速了土壤的形成过程。微生物生长繁殖需要食物（养分)，以无机物为食物的微生物生长非常缓慢，对土壤形成过程影响相对也慢。以有机物为食物的微生物生长繁殖非常快，能迅速形成大量的菌体和代谢产物。

这些代谢产物可供植物直接吸收，供植物生长和形成许多风味物质。有的还能在风化土的成壤过程中发挥作用，使土壤具有保水、保气、保肥、保温的功能。这些以有机物为食物的微生物在摄食有机物的过程中，同时也将有机物分解为小分子的便于植物吸收的营养。这些小分子有机物同样有利于风化土的成壤过程，并增加土壤肥力和保水、保气、保肥、保温功能，大大提高了农田的土壤质量。

施入土壤中的微生物在分解土壤有机物的同时也分泌了一些代谢产物，如有机酸、多糖等，这些物质能增加无机矿物质的溶解性，供植物吸收。这些物质能将施入土壤中被固定的化肥中的磷，微量元素等活化，供植物吸收，例如钾细菌、磷细菌等。具有固氮功能的微生物能利用空气中的氮气合成农作物需要的氨，供作物合成氨基酸、含氮生物活性物质，从而合成蛋白质、代谢调节物和各种营养物。

施入农田的微生物肥料功能是多方面的。由于使用微生物肥料，微生物大量繁殖，影响并限制了致病微生物的繁殖，长期连续使用微生物肥料可以减少农田病害。有些微生物肥料中的细菌能分泌抗菌物质，抑制病原微生物的生长，农田病害减少，可以节约农药的使用成本。

微生物是土壤中的最活跃成分，它们主要依靠土壤有机质作为生存的粮食，干的是增加土壤肥力的活。若没有微生物，只向土中添加有机质，土壤肥力无法提高。岩石的粉末形成了土，土没有水、有机质、微生物，形成不了具有肥力的土壤。荒漠化的土地就是缺少水分、有机质和微生物。缺少有机质和微生物的荒漠，即使下雨，也无法含蓄水分，落在荒漠中的雨水很快被蒸发和渗漏。在荒漠上种草和植树也是难以成活。

在肥沃的黑土地上长期使用化肥，不使用有机肥，甚至将有机的秸秆焚烧使其无机化，含有丰富有机质的土壤当其中的有机质被消耗殆尽，千百年不断积累的有机质被微生物不停分解而形成的黑土地由于连续使用化肥，焚烧秸秆，也会沙化。因此同时施用有机肥和微生物肥有利于养地培肥土壤，同时施用有机的秸秆和微生物是防治荒漠化的有效措施。

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