微生物肥料产品的保质期国家标准和农业行业标准要求至少3个月以上，事实上从生产工厂到农民施用于田间需要一定的贮运、销售过程，大约需要 6个月。除了热带地区，我国种植业施肥高峰期一年就是两次。东北、西北地区不少地区施肥高峰仅一次。作为流通的商品，微生物肥料的理想保质期应为18个月。第一年未施入农田的第二年还可使用。

微生物肥料保存一般都要求存放于阴凉干燥处。具体的保存温度在 0～15℃范围内菌含量变化不大。固体制剂在 0℃以下也沒有什么影响。

要延长保质期，液体剂型和固体剂型有不同的措施。

液体剂型在生产中从发酵罐到包装瓶之间的管道要灭菌，包装瓶也应灭菌。包装环境应半无菌状态。若机器灌装，机器应在半无菌包装车间内，该车间要经灭菌处理，流水线上方配有罩子。包装前液体菌剂中的营养物质应尽量消耗到最低含量。为了使贮运过程中产生的代谢气体排放，采用透气而不透水的薄膜瓶盖是一个有效的措施。不同的菌种保质期也不一样，有保护层（芽孢、孢子、荚膜）的菌种保质期长。

固体剂型除了贮运过程中保持阴凉干燥外，在生产过程需注意防止杂菌污染，包装过程和环境的洁净度要高。选择适合的载体很重要，不同的菌剂需使用不同的载体。载体的理化性质也是需要重视的。载体最好经灭菌和干燥处理。芽孢杆菌保存（含水 5%左右）保质期相对较长，杂菌污染少。非芽孢杆菌湿度太低有影响菌含量的可能性。水分在 10％以上染霉菌的可能性会增加。有的企业采用抽真空或充氮保护措施，少量产品可以，大综产品是否可行，其效果尚无统一的定论，有待长期跟踪观察。

不同的造粒方式也会影响保质期。凡是与较多有机肥一同造粒的保质期较长，添加化肥多的保质期要短些。与化肥共同造粒采用保护措施的保质期较长，避免造粒高温烘干流程的保质期较长。掺压造粒中有机成分多的保质期长，无机成分多的保质期短。滚动造粒干燥后喷涂菌剂的保质期相对较长。离开工厂后，除了提供阴凉干燥的贮运条件外，还应避免日光暴晒。

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