在水产养殖业中使用微生物肥料，特别是使用微生物肥料的液体剂型，能使养殖水域环境质量大幅提升，微生物肥料施于养殖水体能迅速分解水体中的多余饲料或不适合作为饲料的有机物，将这些有机物分解为易于沉淀的无机物，使水体洁净透明度大为提高。微生物肥料中的微生物在分解有机物的过程中，自身也大量繁殖形成水产生物的饵料。微生物饵料一般易被水生生物捕食消化吸收，从而有利于水产生物产量的增加。
除了改善水体环境质量，有的微生物还能调节水体的酸碱度，使得养殖水更适合水产生物的生长发育。由于生物肥料中的微生物在水体中迅速增殖，并可抑制病原微生物的生长，从而减少水生生物病害的发生。
在一些刚开发的养殖水域或太贫瘠的水体，可以使用生物有机肥来肥水，增加有机质和水生微生物的繁殖，从而增加养殖生物的饵料，提高养殖水产的产量。水产养殖应用微生物肥料需注意微生物种类的选择，例如枯草芽孢杆菌有利于水质的提高，特别适用于有机污染混水的改造，老养殖塘的修复。乳酸菌适合水体pH的调节。酵母菌和光合细菌更适于作为饵料，特别是幼小鱼、玚、蟹苗的存活和促长。不同的微生物施用也要注意它们对环境的不同要求。例如枯草芽孢杆菌用于净化改水时，就应该同时开增氧机，其效果快速而又明显。用光合细菌增加营养，就应加强光照而不必开启增氧机了。
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