商品微生物肥料除了纯菌剂级的采用冷冻干燥方法制成的纯菌剂外，一般都或多或少选用某些易获得的原料作为菌体的载体。有的载体可提高菌体的存活力，便于加工、储运和田间使用。
载体选择应注意载体本身的理化性质，如pH适中，避免过酸或过碱的载体，粒度不宜太粗，应有较好的吸附能力，不应有较高的渗透压等。
微生物肥料中使用的载体可分为无机载体、有机载体和有机无机混合载体。
无机载体如硅藻土、沸石粉、矿石粉、膨润土、中性黏土等。无机载体价廉易得，有的如硅藻土、沸石粉吸附性也很好。无机载体制成的菌剂适用于有机质含量高的土壤。
吸附菌体后易加工为粉剂菌肥，便于和有机肥无机肥混合造粒。但是有的无机载体使菌体存活率受影响，用于喷灌、滴灌易分层、沉积、堵塞管道。施用于贫瘠土壤因有机质缺乏，其效果表现欠佳。
有机载体品种繁多，如麸皮、秸秆粉、酒糟粉、淀粉以及发酵腐熟充分的有机肥等。有机载体吸附菌体能力强，对菌体有一定营养功能，有利于菌体保持较高的存活率。施用于田间见效快。但有机载体应干燥，不能是霉变过的，最好使用前灭菌，以免杂菌污染。用于喷灌、滴灌也有易堵塞管道的缺点，可采用易溶于水的有机载体来解决这一缺陷。
有机无机混合型载体，最典型的是泥炭。吸附菌体能力强，菌体在其中存活率高。但资源受一定限制，有些地区已禁采。如以上述无机载体和有机载体混合后使用，可克服纯无机载体缺少初始营养的缺陷，又可克服纯有机载体加工中成本较高的问题。载体选择中最重要的是不能被杂菌污染，特别是不能用霉变过的农副产品作载体。
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