目前我国的微生物肥料生产菌株多为芽孢杆菌。芽孢杆菌顾名思义就是能够产生芽孢的细菌。
芽孢是抗逆性极强的休眠体，在常温干燥条件下可长期保持活性，芽孢可以方便地制成货架期长、性能稳定的微生物产品。
这就是多数企业首选芽孢杆菌的原因，仅基于微生物肥料生产，而不是菌株的功效需要。
芽孢杆菌的生活周期包括营养生长阶段和芽孢形成阶段。营养生长阶段是它们代谢旺盛、产生各类次生产物、菌体数量迅速增加的时期。
芽孢杆菌发挥各种功能也全依赖生长代谢过程产生的次生代谢产物，一旦营养生长停止并生成芽孢，芽孢杆菌就不再产生次生代谢产物，这意味着它们丧失了相应的功能。以枯草芽孢等为主的10 多种芽孢菌是目前我国微生物肥料的主流菌种。
据统计，在有效产品登记证中，使用芽孢菌为产品占到 90％以上。其主要原因是由于芽孢菌生产性能和保存性能。通常芽孢菌繁殖快，生命力强，在不利的生长环境中，芽孢菌能产生休眠体——芽孢，由于芽孢对热、干燥、辐射、化学消毒剂和其他理化因素有较强的抵抗 力，可在干燥和室温条件下长久存活，因此，芽孢菌易于制成稳定且货架期长的微生物肥料产品而被广泛应用。
但是，从已有的研究报告中可知，芽孢菌作为微生物肥料，在提高土壤养分、促进作物生长的生物活性上却远不及非芽孢菌。尤其是芽孢菌在施入土壤环境中后，一旦形成芽孢休眠体，便失去生物活性，其微生物肥效也随之失去。
我们追踪过一株枯草芽孢杆菌产品在根系的生长动态。刚施到根系时完全是芽孢（75℃加热处理 15 分钟与不加热处理的菌数相同)；1 小时后测定发现芽孢萌发，根系上的菌体全是营养体 (75℃加热处理 15 分钟没有菌落生长，不加热处理菌数很多)；24小时后测定发现菌体又全部是芽孢，随后连续测定7天皆为芽孢。这说明至少一部分种类的芽孢杆菌在环境中发挥生物功能的时间窗口非常窄。
由此可见，由于产品保质期长，芽孢杆菌是目前微生物肥料生产的首选菌种，从功能角度来看，这种“首选”实属无奈。未来的 发展方向应该是采用无休眠的非芽孢菌类。
声明：本文来源于李俊、姜昕在中国农业出版专著《微生物肥料生产应用技术百问百答》，如有侵权请联系删除，谢谢！
